Es muy conocida su experiencia pentecostal en las catacumbas de Roma: en 1544 en la víspera de Pentecostés, siendo un "laico comprometido" recibió un bautismo en el Espíritu que le afecto incluso el cuerpo: le hizo crecer el corazón y le rompió varias costillas. Hecho que ocultó por humildad durante toda su vida, sólo se supo porque se le obligo a contarlo por obediencia a su director espiritual
Gracias a esta llenura del Espíritu Felipe se convirtió en el apóstol de Roma. Inventó los grupos pequeños de reflexión en los que dió oportunidad a los laicos de hablar lo que el Espíritu les inspiraba. Su método de evangelización era el amor teñido de buen humor. Y ese buen humor no era la escepción cuando oraba, le decía a Jesús: "¡Señor, cuida de tu Felipe, pues, de lo contrario, te va a traicionar. Se va a hacer turco (musulmán)!"
Era un apasionado de Jesús al que solía preguntarle: "Jesús ¿De que esta hecha esta red que ha pescado a tantos?" y se quejaba con él: "¡Señor, me has mandado amarte y me has dado sólo un corazón y éste tan pequeño!". Buscaba apasionadamente la presencia del Señor y le decía: "Yo te busco y no te encuentro. ¡Ven a mí, Jesús mío! Yo no llegaré nunca a amarte, si Tú no me ayudas. ¡Jesús mío! ¡Rompe mis cadenas, si quieres poseerme! ¡Jesús, SÉ MI JESÚS!"
El Papa Benedicto ha pedido abrirnos al don del Espíritu y ha pedido también el regreso a la Biblia, algo que los carismáticos tenemos como ideal, en San Felipe encontramos eso sintetizado. Bien podría ser el "santo patrono de los carismáticos y los pentecostales". En nuestra fraternidad y en el grupo de oración lo ponemos como ejemplo y pedimos su intercesión. Bastante eficaz para los que se comprometen en el apostolado.
También es un ejemplo de ecumenismo. Cuando todavía ni siquiera se inventaba esa palabra San Felipe en una ocasión dijo: "A los no católicos se les gana con amor". En otras palabras la búsqueda de la unidad pasa por el servicio y el amor mutuos. Todavía recuerdo a Nicky Gumbel, ministro anglicano y pionero del Curso Alpha, hablando muy bien de San Felipe Neri, en el año 2007, cerca de la fiesta del santo y poniéndolo como ejemplo de docilidad al Espíritu.